制药工业污染治理难度较大。其主要原因在于产品种类多、更新速度快、涉及的生产工序复杂；所用原材料繁杂，而且有相当一部分原材料为有毒有害物质；工艺环节收率不高，一般只有30％左右，有时甚至更低，往往是几吨、几十吨甚至是上百吨的原材料才制造出一吨成品，从而产生大量废弃物，并且废物成分复杂，涉及的危险废物种类多。

在药物废渣中最令人担忧的莫过于化学药品废渣处理。有环保部人士在接受媒体采访时直言，化学燃料药是制药工业污染最重的领域。

资料显示，我国已经成为全球最大的原料药生产国和出口国，原料药产量已占全球总产量的80%，其中出口占到全世界原料药市场的70%以上。以青霉素，维生素C、维生素E为代表的20余种化学原料药产量和出口量均居世界第一。但是，我国原料药多为初级产品，资源浪费和环境污染严重。

以中成药为例，大型中药企业每年都要使用上万吨药材。数量庞大的中药废渣，除了被农民拉走作为肥料外，绝大部分是直接露天堆放，还有的被不法商贩购买用以制作假药。“直接堆放不仅占用土地，且一些残留物质会随着雨水向下渗透，有可能对地下水造成污染。”

国家不断加大各行业生产过程中的污染和环境整治问题，将环保和绿色作为现代制造型企业首要指标。“制药企业的环境管理体系建设和危废管理实践、处理制药企业有机溶剂、废水和VOCs及制药中产生的三废如何有效处理利用等问题”——对于制药行业来说，任重道远。